政府债务加剧化。地方政府由于财政预算约束，以及对土地财政的惯性依赖，往往赋予特色小镇重要的融资功能。在特色小镇的建设过程中，很多地方政府大包大揽，基本没有吸引市场资本的参与，造成政府债务负担加重。

　　产业空心化。有些特色小镇的建设出现本末倒置、有形无魂现象：这些特色小镇的设计很高端、生态绿化很美观、工作生活配套很完善，但“特色产业”无特色、无根基、无辐射带动性，没有清晰的盈利模式，难以平衡前期的投入，缺乏可持续发展能力。

　　打造产业升级和创新的平台。产业是特色小镇可持续发展的重中之重。特色小镇应建设为推进产业创新和培育新兴产业的平台。特色小镇要极其重视产业专精发展、高端要素集聚、投入产出效益等几个关键环节。产业升级和创新是小镇建设的灵魂，在申报、评选、考核、认定的全过程中，都应是重点考察的内容。一要提升定位，把特色小镇打造成集聚区域优质资源和驱动区域创新发展的增长极；二要提升要素集聚能力和产业创新能力，瞄准创新前沿，引进和培育标杆企业，提升产业特色的质量；三要提升小镇的综合服务功能，使特色小镇与城市融合，成为城市体系里小而精美、宜居宜业的空间。

　　完善考核评估体系。采取动态的量化考核方式。一是提高进入门槛。至少在地市级层面，要统筹协调都市圈、城市群和中心城市的特色小镇布局，县域层面不能盲目布局过多的特色小镇。二是注重考核内容的多元化和持续化。特色小镇建设涉及的多元主体以及特色小镇所承载的重要使命，使得其考核必然是多元和持续的。为避免政府债务扩大化，不仅要考核总投资，还应考核市场投资在总投资中的比重。为避免房地产独大、特色产业不明显等问题，应考核特色产业的投入比重、产出比重，并应重点考察这些比重的长期增长情况。根据不同阶段的特性，合理设置考核内容。三是建立竞争性的机制。建议建立优者上、劣者下的动态竞争格局。

　　实施有奖有罚的期权激励。期权式奖励能避免地方政府建设小镇过程中的政策投机行为。期权式激励可以重点从土地和财政方面来展开。一是土地要素保障。对如期完成年度任务的地方，上级政府可以按实际使用土地指标的一定比例给予配套奖励。对考核期内未达标的，则应加倍倒扣用地指标。对房产类的占地应不配套或少配套。二是财政支持。特色小镇如定期完成考核，则“新增”财政收入上交上级财政的部分，可实行初期全额返还地方政府，后期减征的方式。鼓励地方政府将所获得的这些财政支持反哺市场主体。对“新增”而不是“总量”财政收入的奖励，能克服地方政府参与特色小镇建设的短期行为。将这些财政支持长期用于反哺市场主体，能激励企业专注于核心竞争力的打造。

　　补齐运营短板。运营短板是未来制约特色小镇发展的最大难题。运营的主要目的是搭建创新创业的空间、营造好的产业氛围、实现小镇的自我造血功能。较之以往的城市运营，特色小镇的运营必须在理念、运营主体、运营内容等方面有所突破。要让市场成为资源配置中的决定力量。在运营主体方面，要由更懂行业的市场主体来主导。在运营内容方面，要重点关注产业生态营造、集聚高端要素、引进或培育龙头企业、突破产业链核心环节等。